「系统代理」菜单提供四种不同的设置选项。
「清除系统代理」会在每次启动时清掉系统代理；「自动配置系统代理」把系统代理指向内核；「不改变系统代理」保留其他软件的设置；「PAC 模式」则是 Windows 走 PAC 脚本。四项分别对应清除、设置、保持和 PAC 这几种做法。
简单对照：清除项会清掉已有的系统代理；自动配置项把系统代理指向内核；不改变项保留其他软件的设置；PAC 项让 Windows 走 PAC 脚本。「不改变」和「清除」是两种相反的做法，别弄混；PAC 模式在官方文档里只写了 Windows。
常规用法是「自动配置系统代理」配合路由「绕过大陆」，这是官方 Wiki 推荐的组合。路由菜单里的规则导入和列表见 v2rayN 路由设置；从安装到代理设置的完整顺序见 v2rayN 快速入门。
自动配置后只看到 HTTP 代理的原因
FAQ 的解释是 Windows 系统代理不支持 SOCKS5，所以自动配置后只看到 HTTP 代理。这是 Windows 系统代理的限制，不代表 v2rayN 不支持 SOCKS5。
macOS 的自动配置系统代理是靠脚本实现的。自动配置失败时，到 guiLogs 里看失败日志。其他失败原因，官方 FAQ 没有列出。
这两条针对的系统不同：Windows 那条讲为什么只看到 HTTP 代理，macOS 那条讲失败日志在哪。换个系统阅读时，别把 Windows 的限制套到 macOS 上，也别把 macOS 的日志位置当成 Windows 的。
UWP 回环限制可以从其他菜单项解除。
界面还有「解除 Win10 UWP 应用回环代理限制」这个菜单项，专门处理 Win10 UWP 应用的回环代理限制。
PAC 模式在官方文档里只写了 Windows 走 PAC 脚本，其他三个选项按菜单说明理解即可。如果你要设置的是 TUN 而不是系统代理，可转到 v2rayN TUN 模式。订阅更新里也有通过代理和不通过代理两种选择，详见 v2rayN 导入订阅。
常见问题
自动配置系统代理后为什么只看到 HTTP？
FAQ 给出的原因是 Windows 系统代理不支持 SOCKS5。这是系统代理的限制，不是说 v2rayN 只支持 HTTP。
macOS 自动配置系统代理失败时看哪里？
macOS 的自动配置系统代理靠脚本实现，失败日志在 guiLogs 里。
PAC 模式适用于什么平台？
官方文档只写了 Windows 下 PAC 模式走 PAC 脚本。其他系统有没有同样的效果，文档没有写。
如何解除 UWP 回环代理限制？
菜单里有「解除 Win10 UWP 应用回环代理限制」这一项，从这里进入。